La Ermita de mampostería de 37,50 m. de nave por 13 m. de ancho y 14,70 m de alto hasta el tejado, de estilo gótico tardío, s. XVI apreciable en las nervaduras de la nave; una de las paredes aprovecha la roca de la montaña precisamente en la zona donde la fuente milagrosa manaba.

La Santa Capilla o camarín de la Virgen (S. XVIII) está orientada al Este como es preceptivo, cubierta con cúpula octogonal, y al poniente  la puerta de acceso y un coro alto. Se abrió otra puerta, en este caso la principal en el lado sur, en la portada de gran arco de medio punto  está la insignia de la Orden, la Cruz sanjuanista o de Malta. Torre campanario en la cabecera, en la zona del Evangelio, también hecha en mampostería. Esta cabecera, al exterior, plana como es y más baja presenta un friso de arquillos y alero de tipo mudéjar. 

Se creó todo un complejo para recibir a los peregrinos, un edificio para exvotos, cuadras para los animales, lugares para la refacción, fogones, etc. Con capacidad para 200 personas, incluso una hospedería. 

Unía este edificio con el santuario un pasadizo alto, cubierto, soportado en los medios por dos grandes arcos rebajados de diferente dimensión que se apoyan directamente en ambas construcciones laterales.

La Casa del priorato, se hizo entonces en el camino a Villel a unos 200 m., ahora se pueden ver sus ruinas en un recodo.

El Siglo de oro para el Santuario fue el S. XVII, la afluencia de peregrinos y de pueblos era tal que todos los domingos y festivos del año había gran trasiego, con ellos llegaban múltiples ofrendas algunas de mucho valor; la figura del prior  de la Fuensanta se hace relevante y algunos de ellos llegaron a puestos encumbrados como Obispo, Canónigo etc. 

En el S. XVIII comienza la decadencia del Santuario, los primeros reveses los trae la Guerra de Sucesión, recortando privilegios y quedándose la Corona con algunos usufructos. En 1709 es saqueada y quemada, con la pérdida de sus Archivos, por partidarios de los Austrias, los temidos” Micaletes o Migueletes”, especie de milicias voluntarias.

Aun tuvo que sufrir la guerra de la Independencia, tenemos un relato de primera mano, de alguien que lo vivió de cerca, el último Prior sanjuanista D. Miguel Garzarán, que escribió “Memorias del Santuario”, en 1810 , 18 de marzo, una patrulla francesa le robó y saqueó el Santuario y su corral. El 12 de noviembre se entabló allá una feroz lucha entre el general Villacampa y sus hombres contra las tropas de Napoleón. El Prior pidió permiso para salvar la imagen de la Virgen y enseres sagrados, se le dio una escolta y vio la batalla desde el monte “el Calarizo”: pudo ver que tras la retirada táctica de las tropas españolas los franceses se cebaban con el santuario, lo destrozaron pero no lo quemaron. Villacampa regreso unos días después y le pidió celebrara Misa solemne para el y sus tropas, dando 40 reales como óbolo por la misa, 80 al santuario y 160 a los músicos, villelinos todos.

El prior Garzarán ante la inseguridad de los tiempos deja de vivir en el santuario, instalándose en una  casa en Villel, se llevó la imagen que depositaron en la Parroquial en la capilla de Santa Otilia; cuando la Guerra concluyó el 24 de Octubre de 1813 solemnemente se  devolvió a su Ermita.

En 1851 ya no se proveyó plaza de clérigo para la Fuensanta, pero si se instituyó la figura del ermitaño, un vecino de Villel que junto con su familia se desplazaba  a vivir a la casa hospedería del Santuario, limpiaba y atendía a los numerosos visitantes, se sustentaba de un pequeño huerto y del corral, amén de las donaciones que afluían al Santuario.

En la Guerra Civil, la ermita es saqueada y destruida, quedando sin tejado; la imagen de la Virgen desapareció junto con la de san Lamberto, la Virgen de los Dolores, san Joaquín y san José, todo esto se reparó después en los años 40 y se hizo una capilla ,la de santa Teresa.

Ciertamente el enclave del santuario, que no ha sido abandonado, y los fenómenos religiosos de las romerías y de las peregrinaciones además de ser  parte de la idiosincrasia del pueblo, una afirmación étnica, están íntimamente unidos a la memoria colectiva por la que una región, una comarca, o un pueblo tienen sus lugares ancestrales religiosos y mágicos, atávicos, a los que siempre se vuelve.